Здравствуйте, Анна!
В соответствии с п. 41 . Приказа Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 29.06.2011 года № 624Н «Об утверждении порядка выдачи листков нетрудоспособности» при заболевании ребенка в период, когда мать (иной член семьи, фактически осуществляющий уход за ребенком) не нуждается в освобождении от работы (ежегодные оплачиваемые отпуска, отпуск по беременности и родам, отпуск по уходу за ребенком до достижения им возраста 3-х лет, отпуск без сохранения заработной платы), листок нетрудоспособности по уходу за ребенком (в случае, когда он продолжает нуждаться в уходе) выдается со дня, когда мать (иной член семьи, фактически осуществляющий уход за ребенком) должна приступить к работе.
На основании данного положения следует полагать, что листок нетрудоспособности выдан Вам учреждением здравоохранения безосновательно. Это стало возможным в связи с тем, что в лечебном учреждении Вы не сообщили о том, что фактически находились в отпуске и не нуждались в освобождении от работы.
Таким образом, исходя из текста вашего вопроса, в действиях работодателя нет нарушений.